Mertes studierte in Bonn Slawistik, Klassische Philologie, Philosophie in München und Theologie in Frankfurt. Mit 23 Jahren trat er, dessen Vater Alois Mertes Staatsminister im Auswärtigen Amt war, in den Jesuiten-Orden ein und wurde 1986 zum Priester geweiht. Seit 1990 ist er in unterschiedlichen Positionen im Schuldienst tätig.

Mertes ist Autor mehrerer Bücher, unter anderem "Verantwortung lernen", "Zukunft gemeinsam gestalten" und schreibt Kolumnen im Berliner "Tagesspiegel", in denen er Grundsatzfragen der Ethik erörtert: "Wo sind die Christen in dieser Stadt?" oder "Auch der Atheismus kann zur Religion werden". Im Juli 2009 erschien sein bislang letztes Buch "Widerspruch aus Loyalität."