Heiko Ruprecht wurde 1972 in Friedrichshafen geboren und wuchs in Lindau am Bodensee auf. Seine Schauspielausbildung absolvierte er von 1993 bis 1996 am Mozarteum in Salzburg.
Sein erstes Theaterengagement führte ihn 1997 für zwei Jahre an das Ulmer Theater, wo er sofort eine Vielzahl von großen Rollen spielte, darunter den Orsino in Shakespeares "Was ihr wollt", Wilhelm in "Black Rider", Goldberg in "Goldberg-Variationen" und Goethes "Clavigo".
1999 bis 2001 war er bei Dieter Dorn an den Münchner Kammerspielen engagiert. Weitere Theaterstationen von Heiko Ruprecht sind die Heidelberger Schlossfestspiele, das Bayerische Staatsschauspiel München - an das er 2001 mit Dieter Dorn wechselte - das Badische Staatstheater Karlsruhe, das Staatstheater am Gärtnerplatz München, das Ernst-Deutsch-Theater Hamburg und die Luisenburg-Festspiele in Wunsiedel.
Schon während seiner Schauspielschulzeit war Heiko Ruprecht auch im Fernsehen zu sehen und hat inzwischen in zahlreichen TV-Produktionen mitgewirkt.