Captain Kirk wird für den Tod eines Crewmitgliedes vor Gericht gestellt.
 
Bei der Durchquerung eines starken Ionensturms wird die Enterprise beschädigt und ein Besatzungsmitglied getötet. Während das Raumschiff in der Werft bei Sternbasis 11 liegt, muss Captain Kirk einen Bericht über den Vorfall vorlegen. Ein automatisch generierter Eintrag im Logbuch weicht jedoch von Kirks Bericht ab und belastet ihn schwer.
 
Den Versuchen Commodore Stones, den Vorfall unter den Tisch zu kehren, zum Trotz will Captain Kirk seine Unschuld um jeden Preis beweisen und stellt sich freiwillig dem Prozess. Doch die Anklagevertretung findet weitere Beweise gegen ihn, woraufhin Spock und Schiffsarzt Dr. McCoy die Recherchen selbst in die Hand nehmen.