Ein Erkundungstrupp der Enterprise trifft auf einem uralten Schiff auf einen ehemaligen Diktator von der Erde, der Böses im Schilde führt.
 
Ein im All treibendes Raumschiff weckt die Neugier der Besatzung der Enterprise. Die Sensoren der Enterprise melden, dass auf dem Schiff Leben sein muss. Es handelt sich jedoch um Herzschläge, die aufgrund ihrer Frequenz unmöglich menschlich sein können. Der Rumpf ist von Meteoriten zerkratzt, trotzdem ist der Name "S.S. Botany Bay" noch zu erkennen.
 
Captain Kirk lässt ein Erkundungsteam auf das fremde Schiff beamen, das dort Menschen unterschiedlicher Herkunft aufspürt. Als ein von Scotty ausgelöster Mechanismus einige der Schlafenden aufweckt, löst sich das Mysterium. Khan, ein ehemaliger Diktator von der Erde, der aus einem langen Schlaf erwacht, sieht in der Enterprise eine Möglichkeit, sein Imperium erneut aufzubauen.